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    CHIRP 檢測


    ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一種檢測與RNA綁定的DNA和蛋白相互作用的技術。該檢測方法通過設計生物素或鏈霉親和素探針,把目標RNA拉下來以后,與其共同作用的DNA染色體片段就會附在到磁珠上,最后通過qRT-PCR、測序、免疫印跡法和質譜分析等確定目的RNA、DNA和蛋白。
    檢測特點
    (1)、CHIRP實驗可研究細胞體內互作;
    (2)、CHIRP實驗既同時可研究RNA、蛋白質和DNA形成的復合體之間的互作;也可研究它們之間的兩兩互作;
    (3)、利用CHIRP-MS實驗尋找與目的lncRNA結合的蛋白,可不受lncRNA長度的限制;
    (4)、利用CHIRP實驗可研究circRNA與蛋白質或DNA之間的互作。

    檢測步驟
    (1)、CHIRP-RNA:探針設計與合成&rarr;細胞交聯&rarr;細胞裂解、超聲處理&rarr;探針雜交&rarr;復合物純化&rarr;RNA回收與純化&rarr;NGS或qRT-PCR檢測;
    (2)、CHIRP-DNA:探針設計與合成&rarr;細胞交聯&rarr;細胞裂解、超聲處理&rarr;探針雜交&rarr;復合物純化&rarr;DNA回收與純化&rarr;NGS或qPCR檢測;
    (3)、CHIRP-Protein:探針設計與合成&rarr;細胞交聯&rarr;細胞裂解、超聲處理&rarr;探針雜交&rarr;復合物純化&rarr;蛋白分離&rarr;質譜鑒定。

     

    ChIRP檢測標準分組:
    (1)、IP組:目標lncRNA/circRNA Odd組和Even組(即實驗組,用于鑒定lncRNA/circRNA作用基因組位置)
    (2)、lacZ組:外參對照組,證明ChIRP探針的特異性;
    (3)、Input組:捕獲前分離提取的基因組DNA,作為內參對照組,證明探針特異性;
    (4)、Positive組:陽性對照組,通過已知驗證有效的探針,通過WB檢測已知結合蛋白質,證明整個ChIRP實驗體系的有效性;
    (5)、目標lncRNA/circRNA qPCR:證明ChIRP探針對目標lncRNA的正確結合及有效捕獲。
     

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